Segons el primer cens que es va fer en aquest període, datat l’any 1857, Fortià era una població que tenia 484 habitants 251, dels quals eren homes i 232, dones. Aquest cens ens dona la xifra més alta d’aquesta segona meitat i de tot el segle XIX. Vint-i-un anys després, l’any 1898, Fortià comptava amb 444 habitants 235, dels quals eren homes i 209, dones.
Pel que fa a les ocupacions dels fortianencs d’aquest període, en el cens de l’any 1857, s’esmenten cinquanta jornalers, disset pagesos, nou comerciants, cinc propietaris, cinc mestres, dos pobres de solemnitat i un eclesiàstic. Aquest cens també especifica que de 484 habitants, 395 s’identifiquen com a no contribuents i 89 com a contribuents.
L’amillarament de 1858 dona per a Fortià una superfície de 684, 1 ha, el 84% de la qual l’ocupaven els conreus de sembrat, el 4 % de l’olivera i el 12% de la vinya.
L’Ajuntament patia una manca de recursos i un endeutament crònics que obligaren al Ple de l’any 1880 a portar a terme un repartiment extraordinari entre els veïns de Fortià per eixugar el dèficit de la corporació. Davant la impossibilitat de cobrir tot el dèficit de cop a causa de les males collites, es va acordar aplicar un recàrrec del 10% sobre l’impost de consums i de la sal durant sis anys. Tot i això es feren alguns esforços per assolir algunes millores en infraestructures i béns municipals.
L’any 1852 es varen fer obres a l’edifici de l’hostal, propietat del comú, per la quantitat de 452 rals i 21 maravedisos. L’any 1863 es varen pagar 1.800 rals per arreglar el camí veïnal que portava des de la granja escola de Fortianell fins a Vila-sacra. El 1868 s’iniciaren els tràmits per traslladar el cementiri fora del nucli urbà al sector de l’antiga capella de Sant Cels, però aquestes gestions no prosperaren. I l’any 1880 l’Ajuntament va acordar condicionar el camí que portava de Castelló d’Empúries a l’estació de Vilamalla al seu pas per Fortià davant de les innombrables queixes dels veïns del municipi.
Amb la Llei general de desamortització, de l’1 de maig de 1855, s’inicià la desamortització de Madoz que afectà els béns de l’Estat, del clergat secular, els ordes militars, les confraries, les obres pies i els propis i comuns dels municipis. Pel que fa a les possessions de l’església a Fortià, i segons un document de l’any 1874, aquesta desamortització afectà, els següents béns: la casa de la Doma o de la Caritat, la rectoria, dos camps de 5,5 vessanes, dos horts de 12 vessanes, i tres peces de terra més, sense especificar-ne la categoria, de 6 vessanes. Entre les possessions dels propis de Fortià, la confiscació afectà la casa de l’hostal.
La manca d’edificis municipals va obligar a l’Ajuntament a reclamar en diverses ocasions alguns dels béns desamortitzats per instal·lar-hi la casa de la vila i l’escoles. L’any 1861 l’administració dels drets i propietats de l’Estat a la província de Girona va concedir en subhasta pública la casa de l’hostal a l’Ajuntament per instal·lar-hi la casa de la vila. L’any 1865, l’Ajuntament va renunciar a la possessió d’aquest edifici, al·legant que es trobava fora de la població i molt allunyada del nucli urbà, motiu que dificultava l’assistència a les reunions. Aquest edifici va ser adquirit finalment pel veí de Fortià Ramon Puig l’any 1872 en pública subhasta.
Posteriorment, l’any 1863, l’Ajuntament va reclamar a l’Estat la casa sagristia per establir-hi l’escola de nenes i la casa de la vila. Sembla que només en va concedir l’arrendament perquè l’any 1865 el Ple va aprovar pagar per aquest concepte la quantitat de 590 rals i 40 cèntims. Finalment, l’any 1884, l’Ajuntament va tornar a reclamar la casa coneguda amb el nom de la Caritat per instal·lar-hi la casa de la vila i, pel que sembla, no la hi va ser concedida.
L’any 1872, pocs mesos després de l’inici de la Tercera Guerra Carlina (1872-1876), un escamot carlista es va presentar a Fortià i, sota amenaça, s’emportà de l’Ajuntament un trimestre sencer de la contribució. Dos anys després el mestre de Fortià va demanar l’excedència del seu càrrec a causa de les circumstàncies polítiques. Pel que sembla entre els anys 1874 i 1875, els escamots carlins es presentaren en diverses ocasions al poble. Així ho feren constar els membres de l’Ajuntament en l’expedient que tramitaren per al·legar l’incompliment en els terminis de pagament de la contribució de consums d’aquests anys. Per altra banda, sabem que l’any 1875 el caporal Pujol, veí de Fortià, fou empresonat pels carlistes als voltants de Figueres quan anava al poble a gaudir d’una llicència de tres mesos.
L’any 1877, un cop ja acabada la guerra, una comissió integrada per l’alcalde, Salvi Tibau, Pere Fajol i Jordi Baldoira va anar a Roses en representació de Fortià a rebre el rei Alfons XII que feia escala en aquesta vila.