Quan l’any 1808 esclatà la Guerra del Francès, Fortià en prou feines havia tingut temps de refer-se de l’impacte -tant demogràficament com pel que fa a danys materials-, produït a la població pels efectes més directes de la Guerra Gran (1793-1795). Durant els anys de la Guerra de Francès (1804-1814), Fortià patí l’ocupació dels francesos que li impedí fer efectiu l’import del cadastre perquè, segons els membres de l’Ajuntament, els documents en qüestió restaren en mans dels invasors.
En l’aspecte demogràfic, l’evolució de la població en les primeres tres dècades d’aquest període no experimentà cap creixement important: 338 habitants per a l’any 1826, 343 habitants per a l’any 1830 i 337 habitants per a l’any 1838. La xifra més alta per a la primera meitat del segle XIX ens la dona el cens de l’any 1841 amb 360 habitants. A partir d’aquesta data s’inicià un procés amb alts i baixos cap a la disminució de població: 282 habitants per a l’any 1843 i 291 habitants per a l’any 1847, fins a arribar a les 226 ànimes que recull Madoz en el seu diccionari publicat l’any 1849.
Segons el Diccionario de Miñano de l’any 1826, Fortià era un centre productor de blat, llegums, vi i oli. Madoz, vint-i-tres anys més tard, relaciona els següents productes: blat i blat de moro en abundància, llegums i altres fruits amb escassedat; bestiar oví, cavallar i boví, complementat amb la caça de guatlles i perdius i la pesca dels estanys. Quant a l’economia es fa constar que el poble basava la seva riquesa en l’exportació de blat, blat de moro, bestiar i llana; i amb la importació d’oli, vi i efectes colonials. La producció bruta del terme s’estimava en uns 5.510,400 rals de billó.
En aquesta època, la riquesa de Fortià estava repartida d’una manera desigual. Segons un repartiment de la contribució territorial de l’any 1848, el principal contribuent fou Francesc Pio de Còdol, el qual aportà 2.350 rals del total de 5.640 rals que es recaptaren durant l’exercici. El seguiren en importància Josep Quintana i Combis, amb 1.128 rals, i Narcís de Bahí, amb 470.
Pel que fa a l’activitat comercial i industrial, sabem que durant bona part d’aquesta primera meitat del segle XIX varen contribuir-hi: un sastre -Bartomeu Perxes-, dos carreters – Narcís Colls i Joan Baldoira-, un cirurgià – Jaume Manegat-, dos flequers – Bartomeu Simon i Andreu Lloveras-, un taverner – Magí Amiel-, i tres moliners -Salvador Pujol, Ramon Puig i Pere Comalat-.
Pel Reial decret de 19 de febrer de 1836 s’inicià la desamortització de Mendizábal que afectà els béns del clergat regular. En el cas de Fortià es posaren a la venda totes les propietats que posseïa el monestir de Sant Pere de Rodes des de l’època medieval en el terme municipal. Pel que fa a les propietats rústiques es varen subhastar 22 finques que sumaren un total de 165,5 vessanes amb un valor de venda d’1.270.230 rals de billó. Entre les propietats urbanes es varen subhastar una casa amb graners al carrer de Baix que va adquirir el veí de Fortià, Ignasi Salleras, i l’heretat coneguda com a mas Monaster o Zaimar que va adquirir el veí de Castelló d’Empúries, Josep Gilbert.
L’any 1843 amb motiu de la insurrecció centralista que tingué lloc durant l’estiu i la tardor a diverses ciutats de l’Estat espanyol i Catalunya, un escamot de milicians partidaris d’aquesta facció s’endugueren 1.917 rals de billó corresponents al tercer trimestre de les contribucions diposat a l’Ajuntament de Fortià per proveir els insurrectes centralistes refugiats al castell de Sant Ferran de Figueres sota l’amenaça d’emportar-se empresonats tots els membres de l’Ajuntament.
Relacionades amb aquesta insurrecció també hem trobat referències del veí de Fortià Pau Cadenas, àlies Avi, que juntament amb el veí de Castelló d’Empúries Joan Jordà, àlies Sisí, eren sospitosos d’haver participat en diversos actes revolucionaris el maig de 1843 amb l’escamot centralista de la banda d’en Felip. I també en relació amb aquests fets, l’any 1844 es va inspeccionar una casa deshabitada de Fortià anomenada la Sínia perquè se sospitava que era un amagatall de malfactors. Després de la inspecció es varen trobar alguns pilots de palla a sobre dels quals semblava que si hi havia dormit a sobre.