Fortià forma part de la comarca de l’Alt Empordà, província de Girona. El terme municipal té una extensió de 10,79 km² i 8 m d’altitud.
Els límits del terme municipal són al nord amb Vila-sacra, a l’est amb Castelló d’Empúries, al sud amb Riumors i a l’oest amb El Far d’Empordà, Siurana i Vilamalla. Té agregat el nucli de Fortianell.