Els orígens del futbol a Fortià s’han de cercar cap a finals de la dècada dels anys vint quan s’organitzava més d’un partit entre colles d’amics o entre pobles veïns més com a diversió que no pas competició, però, a principis de la dècada següent els partits, de manera més seriosa, ja eren de campionat i es jugaven a l’estany Robert. Els jugadors eren portats per un remolc, sense baranes, propietat d’en Gispert i el viatge costava 15 cèntims per persona. D’aquesta primera etapa hi jugaven: els germans Via -que feien de porters-, Ramis, Rius, Feliu, Jofre, Prats, Gifreu, Carles Amiel …
Poc després d’acabada la guerra civil, l’any 1941, Joan Llach i Tarrés, al front d’un grup d’afeccionats, inscriu el club en la Federació. Successives juntes presidides per Miquel Vila i Salleres, Fidel Vidal i Sala, Josep Via i Prats, Jaume Busquets, Pere Busquets i Bolasell i Joan Via i Ferrer segueixen mantenint el club a empentes i rodolons, fins al darrer terç dels anys setanta, en què el club es desfà.
La junta presidida per Josep Ma. Tell i Poch, amb Pau Puig, Francesc Viñolas, Josep Sala, Ramon Tell, Miquel Ferrer, Josep Sala, Pere Ramis, Joan Maza i Josep Colls amb en Bernard Recio com a entrenador i en Josep Ma. Manera com a massatgista refunden el club i s’integra al Campionat d’Afeccionats on es romandrà fins a la temporada 1984-85, que s’aconsegueix l’ascens a la Tercera Regional, finalitzant en un meritori tercer lloc. Encara que en més d’una ocasió ha sabut pujar a Segona Regional, no s’hi ha mantingut més d’una temporada.
Inauguraren un nou camp municipal d’esports el diumenge 17 de novembre de 1990, després de fer ús d’anteriors camps improvisats: un primer a l’estany Robert, per passar després a un camp de Fortianell i al camp d’en Bach, enfront de l’anterior, durant prop de quatre dècades, a més també habilitaren diferents camps en parcel·les que eren de rostoll, fins a inaugurar les magnífiques instal·lacions de la carretera de Riumors, a la sortida de Fortià.
Sempre ha estat tradicional jugar un partit la tarda del dia de la festa major amb equips de pobles veïns.
Han vestit la samarreta del Club Esportiu Fortià l’Isidre Sala, olímpic a Mèxic 68, l’Antoni Carbonell, més tard jugador de la Unió Esportiva Figueres i de l’Espanyol i l’Hércules a Primera Divisió, en Miquel Juncà jugador de Roses, Figueres, Banyoles i Palafrugell. Fins i tot, en Pere Vilarrodà en un amistós davant del Figueres va jugar amb el C.E. Fortià.
El Club ha sabut crear una infraestructura de futbol base que, en la temporada 2000-01, encara que compta només amb un equip situat en Segona Regional, en total, mouen cap a vint-i-cinc joves a partir dels divuit anys que practiquen aquest esport. Hi col·laboren jugadors de fora, és a dir, no tots són del poble i sempre ha estat així; en especial amb el cas del poble veí de Riumors, que mai ha tingut equip de futbol propi, però s’ha integrat al de Fortià. La massa social de l’entitat és de poc més de tres-cents socis l’any 2002. Actualment, el president és Josep Tell i Costai l’entrenador Xavier Arnau Serrat. Disposen de pàgina web pròpia amb l’adreça: www.ce-fortia.com
La temporada 2003-2004 el CE Fortià s’ha proclamat campió del grup 29 de Tercera Regional.