El fet de no disposar de documents anteriors al segle X no implica de cap manera que el poble de Fortià no existís de més antic, i encara menys que no fou habitat per l’home de molt abans. La gran destrucció de l’aiguat del 1421 obstaculitza la recerca de possibles troballes arqueològiques.
Ocupà la part central de la centuriació emporitana com a terra fèrtil, però resulta decebedor comprovar que no ha aparegut, si més no, fins ara, cap resta romana ni ibèrica, o almenys tardoromana, encara que etimològicament el nom deriva de l’antropònim llatí Fortius.
L’estudiós Enric Moreu-Rey (1917-1992), i també Pere Balañà, estan d’acord a proposar que prové del llatí Fortianus, derivat de Fortius, nom propi de persona i que Fortianell s’originà en un procés, repetit en altres contrades del país, que consisteix en la derivació a partir d’un topònim pròxim on es conserva l’arran del generador a la qual és afegida una desinència diminutiva.
Fortià era travessat per la via Heràclea que unia Cadis amb Roma. Aquest camí sortia d’Empúries per Cinclaus, aviat trencava cap al nord, passant per Pelacalç i Saldet; continuava per la Bomba, Riumors i Fortià fins a arribar sinuosament a Castelló d’Empúries i, d’allí, fins a Delfià i Rabós. Superat el coll de Belitres, arribava a Cotlliure seguint els cursos dels rius Orlina, Freixe i Ravener. Posteriorment, es va convertir en Via Augusta, a la part hispana, i via Domitia, a l’altra banda dels Pirineus.
Fortià fou un lloc del comtat d´Empúries dominat pels monjos de Sant Pere de Rodes des d’època altmedieval. El primer document escrit conegut fins ara que esmenta Fortià és una epístola del papa Benet VI del 971 adreçada a l’abat Hildesind en què s’al·ludeix a Fortià i Fortianell (in villa Palatioli quem vocant Furtianum superiorem et Furtianellum minorem) i igualment en un precepte de Lotari del 982 i, encara, en una epístola de Joan XV del 990; en aquesta primera època el poble s’anomena també Palol.
L’església és esmentada des del 1150, quan fou consagrada l’església de Sant Mamet de Riumors i el bisbe de Girona, Berenguer de Llers, volgué dotar el nou temple amb una extensa possessió situada el terme de l’església de Santi Juliani de Fortiano, cosa a la qual s’oposà l’abat de Sant Pere de Rodes i altres personatges, entre els quals un tal Ponç de Fortianello. Figura després en les Rationes decimarum del 1279 i 1280 i als nomenclàtors del segle XIV com a parròquia.
El comte d’Empúries, Ponç Hug IV, concedí llicència a l’abat del monestir benedictí de Sant Pere de Rodes l’any 1282, per poder edificar una nova població a la parròquia de Sant Julià de Fortià amb la declaració d’homes lliures dels mals usos i obligacions militars per a tots aquells nous pobladors, i també l’elecció de batlle i la jurisdicció civil i la meitat de la criminal o penal. Aquest privilegi del segle XIII es tracta d’una verdadera carta de població i, doncs, un document cabdal per a la història local de Fortià. S’adreçava a tots els pobladors tant presents com esdevenidors, és a dir, mostrava la nota de permanència pròpia de tota regulació jurídica.
Ignorem si el monestir repoblà Fortià, encara que sembla que més aviat no va ocórrer, però s’ignoren les causes que ho motivaren. L’any següent, el 1283, el mateix comte d’Empúries concedia l’exenció dels mals usos i no fa cap referència a cap senyor feudal més. En prendre possessió del comtat d’Empúries el rei Martí I el 1405 confirmà aquesta franquícia. El document original del 1282 fou publicat per Francesc Montsalvatge a “Notícies Històriques” del 1902, volum XII, pàg. 262-264 i el pergamí original es troba a l’Arxiu de la Corona d’Aragó de Barcelona.